十一年一次的祭典即将在正十字学园町召开，奉命随同奥村雪男（福山润 配音）处理幽灵列车事件，却因奥村燐（冈本信彦 配音）和诗绘美（花泽香菜 配音）自作主张，导致事态朝着最混乱的方向发展。暴走的列车不仅损坏大量建筑和设施，还压垮了一个年代久远的神社。遭受禁足惩罚的燐被命令监管原本封印在神社中的少年恶魔，

在一个晴朗明媚的日子里，自称废柴的学生君逆回十六夜（浅沼晋太郎 配音）、温柔善良爱护小动物的春日部耀（中岛爱 配音）以及高傲自大的大小姐久远飞鸟（布里德卡特•塞拉•惠美 配音）各自收到一封邀请函，信中说道：“告知烦恼众多、拥有异能的少男少女，如果期望一试自己的才能，那么就抛弃世上的一切，到我等的‘箱

这里是人、神、魔等种族共同生活的神秘世界，密斯塔尔希亚　　过去，黑银之翼的巴哈姆特曾几乎令这个世界毁灭　　但人，神，魔三族共同战斗　　作出了巨大的牺牲后，终于把它的力量封印了起来　　接着，神与魔两方分别保存着封印钥匙的一半　　二千年以后，世界始终和平安宁　　不知从什么时候起，人类将巴哈姆特当作了独一